비식별화4 [저장]파이썬을 이용한 dicom(dcm) 비식별화 설명은 코드로 대체합니다. import os import pydicom # 파일리스트 추출 가장 짧은 코드 (현재폴더안의 파일/폴더명 추출) # 파일은 image 폴더 내에 넣어야 됨 rootdir = './image/' # 해당 폴더 내에 파일/폴더 리스팅 files = os.listdir(rootdir) # 처리 함수 def Fn_di_di(temp_img): # 메타 비식별화 (변경할 내용들 참고) temp_img.SeriesDate='Anonimized' temp_img.StudyDate='Anonimized' temp_img.ContentDate ='Anonimized' temp_img.AccessionNumber='Anonimized' temp_img.PatientName='Anonimized.. 2021. 3. 23. [파이썬]의료 영상 dicom(dcm 파일)이미지 비식별화 dicom 파일 내 이미지에 환자정보등이 들어가서 지워야 할 상황에 사용할 수 있는 코드입니다. 주의 리눅스 환경에서 돌려야 하며, 아나콘다를 이용해 GDCM을 설치해야 합니다. (흑백은 그냥 잘 돌아갑니다. 색상이 들어간 이미지를 처리할 때 필요합니다.) GDCM 설치 : conda install gdcm -c conda-forge 환경 세팅 순서 리눅스 : (아나콘다 설치 -> 가상환경에 명령어로 gdcm 설치 -> 커널 등록 -> 주피터 노트북이나 랩에서 해당 커널을 선택 후 사용) 윈도우 : docker 설치 -> 리눅스 이미지 받기 -> 8000번 포트(jupyter hub 기준)로/필요한 폴더 마운트 해서 이미지 run-> 위의 리눅스 과정 진행 저에게 도커 파일을 받으신 경우에는 1. 도커 .. 2020. 6. 5. [파이썬]dicom 파일 헤더 비식별화 multi processing 준비 -패키지 설치 pip install pydicom pip install tqdm pip install multiprocessing 준비 - 파일 생성 두 파일 다 dcm 파일이 있는 폴더 혹은 상위 폴더에 생성할 것. 하위 디렉토리 전체를 비식별화해서 변경함 원본은 따로 백업해둘것) multi_body.py (.py로 생성할것) # coding: utf-8 import os import pydicom from tqdm import tqdm import time # get dcm_file_list def get_file_list() : try : list_path = [] list_file = [] list_full = [] for (path, _, file) in os.walk('.\\'): for.. 2020. 5. 28. [파이썬]dicom 파일 비식별화 예제 (기본) 필요사항 : python 3.7이상 관련 패키지 설치 pip install pydicom pip install tqdm 코드 import os import pydicom #from tqdm import tqdm_notebook from tqdm import tqdm # get dcm_file_list def get_file_list() : try : list_path = [] list_file = [] list_full = [] for (path, _, file) in os.walk('.\\'): for each_file in file: if each_file[-4:] == '.dcm': list_path.append(path) list_file.append(each_file) list_full.appe.. 2020. 5. 28. 이전 1 다음