R15 [R][Data.table][Packages]-대용량 데이터를 빠르게 읽어들일 수 있음. ##To Handle 'big data' : [package]data.table## install.packages("data.table") #install the packages library("data.table") #I will use this packages #to solv EOF within Issue t1_20t=fread("file.txt", stringsAsFactors = FALSE, data.table = FALSE) install.packages('bit64') 2020. 7. 8. [R][환경설정][한글 깨질 때] R 사용 중, 한글이 깨져서 고생했던 기억이 한번쯤은 있을 것. 각설하고 필요한 부분만 적도록 하겠음. R studio -> tools -> Global options -> code -> saving -> Default text encoding: UTF-8로 설정. -> Project options -> Code Editing -> Text excoding: UTF-8로 설정 2020. 7. 8. R gpu 및 딥러닝 세팅 기존 글( 딥러닝 세팅하기 )의 7번까지의 과정 선행이 필요합니다. 1. Rtools 설치 https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ R core 버전에 맞는 버전. 설치 2. gpuR install.packages('gpuR') 3. devtools 설치 install.packages('devtools') 4. keras 세팅 devtools::install_github("rstudio/keras") install.packages('kerasr') library(keras) install_keras(tensorflow = "gpu") 5. OpenCL 세팅 install.packages('OpenCL') 2020. 4. 17. [R]DsigDB 전처리 오늘 제 목표는 R을 이용해 이런 데이터에서 compound(d1, d3)와 거기에 해당하는 gene을 추출해 DB화 하는 것입니다. Class compound gene D1 Palbociclib CCND1 D1 Palbociclib CDK4 D3 chelidonine_HL60 CCL2 D3 chelidonine_HL60 CCL3 D3 chelidonine_HL60 TRIM14 ... ... ... (완료시 테이블. (+)- 나 up down 같은 내용도 제거) 이 쪽이 재료 파일입니다. 그리고 전체 소스코드 입니다. 파일을 받으신 후 경로는 수정하는 것을 권해드립니다. # Env setting { library(data.table) library(stringr) options(stringsAsFacto.. 2020. 1. 16. [R]R에서 여러 환경 사용시 상대경로 활용법(서버, 데스크탑, 노트북, 협동 프로젝트) 결론 # R Studio의 경우 rstudioapi::getActiveDocumentContext setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)) # 직접 소스를 짜서 실행 할 경우 setwd(getSrcDirectory()[1]) 해석 문제정의 : 1. 실행 환경마다 기본 working directory가 다름(운영체제별, 사용자별, 기본 세팅 변경 별 등...) 2. 상대 경로 지정이 불가능하여 매번 관련 파일 로딩 시 path를 지정해야 하며 한 파일을 여러 명이 수정 시 git관리가 피곤해짐 3. 소스파일(코드)의 위치를 기준 위치로 하여 상대경로 활용이 필요 해결 : 1. 소스 파일(코드)의 패스를 호출함 (실행 환경별 방식이 다름-위의.. 2020. 1. 10. [R] R을 이용한 상대위험도 구하기 (relative risk,risk ratio) with epitab in r 아마 이 글을 찾아 오신 분들은 epitab에서 나오는 결과가 이상하거나, 어색해서일 가능성이 높을 것이다. 상대 위험도에 대한 상세한 설명은 pass 하겠다. disease 1 disease 2 Case A B Control C D contingency table의 형태가 위와 같고, Relative risk 의 정의가 A/(A+B) --------- C/(C+D) 일 때, epitab 패키지를 이용해 relative risk(risk ratio)를 구하는 입력 방법은 다음과 같다. library(epitab) # A, B, C, D 값 구하는 부분은 원하시는대로... # contingency table 입력, epitab이 원하는 형태로.. # 위의 contingency table 기준임 tab 2020. 1. 6. 이전 1 2 3 다음
