반치용/문제해결(trouble shooting)27 파이토치를 이용한 resnet 기반 대장 내시경 종양 여부 구분 시도 640*480 / rgb 이미지를 기준으로 작성된 코드입니다. 1. 데이터 문제로 인해 과적합된 결과들입니다. 2. 펭귄브로의 3분 딥러닝 파이토치맛 resnet 에서 데이터 로딩 부분과 일부 파라미터, 모델 내 return(linear -> log_softmax)과 워닝 처리 추가 등을 한 코드입니다. 2020. 3. 28. 파이토치/토치비전 설치 관련 ModuleNotFoundError: No module named 'tools.nnwrap' 위 오류가 뜨면 이렇게 대처하면 됩니다... 몇 번을 지우고 깔고 했는데 역시 스택오버플로우... 근데 저 밑에 숨어있던 답변이라 에휴. 여튼 토치랑 토치 비전 같이 안정적으로 깔립니다. pip3 install torch===1.3.1 torchvision===0.4.2 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html 2020. 3. 7. 2020-02-29 기준 tensorflow 2를 위한 환경 세팅(2.1.0) 환경세팅이 정말 헬하네요. 시작합니다. 기본은 https://chan-lab.tistory.com/13?category=805685 이 분 블로그로 시작합니다. 그대로 따라하면 안됩니다. 1. 가상환경 생성하실 때, python 최신버전이 3.7번대 인데... 뭔가 꼬이는지 에러가 뜨더라구요. conda create -n py368 python=3.6.8 이런식으로 밑줄 친 부분만 원하는 이름으로 바꿔서 설치합니다. 2. tensorflow 최신버전이 2.0.0 베타가 아닙니다. 2.1.0도 나왔습니다. pip install tensorflow-gpu==2.1.0 으로 설치하시면 됩니다. 3. 하는김에 pytorch도 설치하려면 pip install https://download.pytorch.org/w.. 2020. 2. 29. [R]DsigDB 전처리 오늘 제 목표는 R을 이용해 이런 데이터에서 compound(d1, d3)와 거기에 해당하는 gene을 추출해 DB화 하는 것입니다. Class compound gene D1 Palbociclib CCND1 D1 Palbociclib CDK4 D3 chelidonine_HL60 CCL2 D3 chelidonine_HL60 CCL3 D3 chelidonine_HL60 TRIM14 ... ... ... (완료시 테이블. (+)- 나 up down 같은 내용도 제거) 이 쪽이 재료 파일입니다. 그리고 전체 소스코드 입니다. 파일을 받으신 후 경로는 수정하는 것을 권해드립니다. # Env setting { library(data.table) library(stringr) options(stringsAsFacto.. 2020. 1. 16. [R]R에서 여러 환경 사용시 상대경로 활용법(서버, 데스크탑, 노트북, 협동 프로젝트) 결론 # R Studio의 경우 rstudioapi::getActiveDocumentContext setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)) # 직접 소스를 짜서 실행 할 경우 setwd(getSrcDirectory()[1]) 해석 문제정의 : 1. 실행 환경마다 기본 working directory가 다름(운영체제별, 사용자별, 기본 세팅 변경 별 등...) 2. 상대 경로 지정이 불가능하여 매번 관련 파일 로딩 시 path를 지정해야 하며 한 파일을 여러 명이 수정 시 git관리가 피곤해짐 3. 소스파일(코드)의 위치를 기준 위치로 하여 상대경로 활용이 필요 해결 : 1. 소스 파일(코드)의 패스를 호출함 (실행 환경별 방식이 다름-위의.. 2020. 1. 10. [R] R을 이용한 상대위험도 구하기 (relative risk,risk ratio) with epitab in r 아마 이 글을 찾아 오신 분들은 epitab에서 나오는 결과가 이상하거나, 어색해서일 가능성이 높을 것이다. 상대 위험도에 대한 상세한 설명은 pass 하겠다. disease 1 disease 2 Case A B Control C D contingency table의 형태가 위와 같고, Relative risk 의 정의가 A/(A+B) --------- C/(C+D) 일 때, epitab 패키지를 이용해 relative risk(risk ratio)를 구하는 입력 방법은 다음과 같다. library(epitab) # A, B, C, D 값 구하는 부분은 원하시는대로... # contingency table 입력, epitab이 원하는 형태로.. # 위의 contingency table 기준임 tab 2020. 1. 6. 이전 1 2 3 4 5 다음
